På Amagers højeste sted danner Store Magleby Kirke et markant pejlemærke for den gamle Store Magleby landsby.
Da de nederlandske bønder, hidkaldt af Christian II, kom til byen og blev indsat på gårdene i Store Magleby i 1521, fik de også overdraget byens kirke. Vi ved ikke meget om den, ud over at den formodentlig er blevet opført i 1200-tallet, for allerede små 100 år efter de nye indbyggeres ankomst restaurerede de den gamle kirke, så den kom til at fremstå som ny. En tavle indmuret i sakristiets vestmur fortæller, at kirken blev restaureret i 1611. Derfor henfører vi kirkebygningens fødsel til dette år og kunne således i 2011 fejre Store Magleby Kirkes 400 års jubilæum.
I årene efter nederlændernes ankomst voksede Store Maglebys befolkning støt, og hertil kom, at søfartsbyen Dragør oplevede en sand befolkningseksplosion op gennem 1700-tallet. Dragørborgerne hørte nemlig også til Store Magleby Kirke. Da kirken efterhånden var i dårlig stand, fandt der i 1731 en omfattende ombygning og udvidelse sted, og kirken fik det udseende, den har i dag. Der var ikke meget af den foregående kirke tilbage, og ligesom i 1611 opsatte man en tavle til minde om renoveringen.
Kirkens nuværende indretning bærer præg af den gennemgribende restaurering, som gennemførtes i 1850erne. Hele den indvendige kirke blev revet ud og erstattet af inventar i tidens mode: nygotik og odret træværk. Siden 1855 har der ikke fundet ombygninger eller større ændringer sted.
Store Magleby Kirke fik sit første orgel (med syv piber) i 1855, og efter flere ombygninger, den seneste og mest omfattende i 1986, har kirken i dag et orgel med 26 stemmer. Med sine 1780 piber er det et orgel, der passer fint til kirken.
En sjov lille ting ved Store Magleby Kirke er kobberkuglen mellem spir og vindfløj, hvor der i tidens løb er indlagt dokumenter med omtale af vigtige begivenheder i kirkebygningens og sognets historie. Et helt lille historisk arkiv befinder sig således højt hævet over Store Magleby landsby.
Inventaret
Døbefonten fra første halvdel af 1200-tallet har formodentlig også stået i den gamle kirke fra før 1611. Den tunge granitfont er udført i romansk stil og er udsmykket med indhuggede kors og liljer. Krucifikset, som hænger på væggen ud for prædikestolen, kan ud fra stilmæssige træk dateres til begyndelsen af 1500-tallet. Altertavlen, som hænger på kirkens nordvæg, er en såkaldt katekismetavle og daterer sig til 1580. Den nuværende altertavle med nygotisk indramning stammer fra den gennemgribende renovering af inventaret i 1855.
I forbindelse med kirkens 400 års fødselsdag i 2011 fik kirken en ny altertavle, der er malet af Thomas Kluge. Billedet er 3-fløjet og passet ind i den nygotiske ramme.
Man kan læse mere om kirken i bogen om Store Magleby kirke fra 1989 og i ”Hollænderbyen og Store Magleby Kirke” fra 1968 af Anna William Rasmussen.